Жалпы алғанда әскери кафедраның мақсаты студенттерге әскери білім беру сапасын арттыру, әскери-патриоттық тәрбие беру, оқу-әдістемелік жұмыста оқытушылардың шығармашылық белсенділігін ынталандыру, жетекші ғылыми-әскери және педагогикалық жетістіктер жүйесін әзірлеу болып табылады.

Негізгі бағыттары оқу процесін жоспарлау, ұйымдастыру, басқару және бақылау, білім беру процесін оқу-әдістемелік қамтамасыз ету, оқытушылардың, студенттердің ғылыми-зерттеу жұмысын жоспарлау, ұйымдастыру және бақылау, білім беруді жүзеге асырудың жоғары сапасын қамтамасыз ету, студенттер контингентін қалыптастыру, әскери кафедраның профессор-оқытушылар құрамының  педагогикалық және ғылыми біліктілігін арттыру. 

Әскери кафедраның негізгі міндеттері:

• білім беру процесін қамтамасыз ететін оқу-әдістемелік материалдарды, оқулықтарды және оқу құралдарын дайындау;
• кафедрадағы пәндердің бірыңғай оқу құжаттамасымен кешенді әдістемелік қамтамасыз етуді жүзеге асыру, оқытудың неғұрлым орынды нысандары мен әдістерін пайдалануды көздейтін – оқу-әдістемелік материалдарды әзірлеу, әдістемелік тәсілдерді ұтымды үйлестіру, заманауи оқу техникасын тиімді пайдалану;
• оқу сабақтарының деңгейін үздіксіз арттыру, студенттердің практикалық сабақтардағы қызметін жандандыру, қажетті біліктер мен дағдыларды үйретуді қамтамасыз ету, емтихандар өткізу, олардың қорытындыларын талдау;
• типтік оқу жоспарлары мен бағдарламалары негізінде ғылымның соңғы жетістіктерін, олардың даму перспективаларын көрсететін, студенттерді жоғары оқу орнына дейінгі даярлаудың өңірлік шарттары мен ерекшеліктерін ескеретін оқу жоспарлары мен бағдарламаларын, пән аралық және ішкі байланыстарды әзірлеу, мамандардың кәсіптік даярлау машықтары мен дағдыларын практикалық меңгерудің маңыздылығын арттыру.

Ширек ғасырға жуық уақыт ішінде әскери кафедра запастағы офицерлер бағдарламасы бойынша 2906 жуық түлек бітірген оның ішінде:

(2277 медицина қызметінің запастағы лейтенанттары, 629 запастағы лейтенанттары) студент, ал запастағы сержанттар бағдарламасы бойынша 337 түлек (307 медицина қызметінің запастағы кіші сержанттары, 30 запастағы кіші сержанттары) студенттер әскери кафедраны оқып бітірді.

Қазіргі таңда әскери даярлықтан запастағы офицерлер бағдарламасы және запастағы сержанттар бағдарламасы бойынша студенттер білім алуда.

Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрлігінде бастауыш әскери білімнен бастап, жоғарғы арнайы кәсіби білімге дейінгі білім беру ұйымдарының жұмыс жүйесі бойынша Қорғаныс министрлігі дәйекті және жоспарлы түрде әскери білім беру мен кадрларды даярлау жүйесін жетілдіру бойынша да жұмыс жоспарлы жүргізілуде.

Оқу процесін ұйымдастыруда әскери кафедраның жаңа оқу жылы оқу кезеңіндегі жұмысы Қазақстан Республикасы Қарулы Күштері, басқа да әскерлері мен әскери құралымдары жарғыларының, азаматтарды әскери қызметке даярлау қағидаларының, «Запастағы офицерлер бағдарламасы бойынша әскери дайындық қағидаларын бекіту туралы» талаптарына сәйкес ұйымдастырылуда, сонымен қатар, Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрінің, Академия ректорының бұйрықтары және әскери кафедра қызметінің негізгі түрлерін ұйымдастыру мәселелері бойынша басқа да басшылық құжаттармен жүзеге асырылуда.

Әскери кафедраның оқу материалдық базасы оқу жоспарлары мен бағдарламаларында көзделген барлық сабақтардың сапалы өткізілуін, білім алушылардың зерделенетін материалды толық меңгеруін, олардың командалық, әдістемелік және практикалық дағдыларды игеруін қамтамасыз етеді және даму деңгейіне сәйкес келеді, әскери іс, ғылым, техника және қазіргі заманғы оқыту әдістемесі кеңінен қолданылуда.

Әскери кафедраның қалыптасуы мен дамуы барысында Оңтүстік Қазақстан медицина академиясының ректоры Рысбеков Мырзабек Мырзашұлының, Қаржы және шаруашылық қызметі жөніндегі проректоры Сейтжанова Жанна Серикжановнаның қолдауымен оқу-материалдық базаны жетілдіру жүйелі жұмыс жүргізуге бағытталған. Әскери кафедрада оқу қару-жарағы және техникасы, оқ-дәрілер мен инженерлік жарылыс құралдарының макеттері, оқу-әдістемелік құралдар мен кітаптар, компьютерлік басқарумен "МОКИ-2007" имитациялық шағын жалпы әскери жиынтығы, лазерлік атыс кешені, атыс қаруының (ММГ) макеттері, атыс қаруынан атуға арналған электрондық ату тирі, компьютерлік сынып, жергілікті жердің макеті, тактикалық алаң, қарауыл қалашығы бар. Оқу аудиториялары мен сыныптары интерактивті және мультимедиялық жабдықтармен, теледидарлармен және оқыту мен тәрбиелеудің басқа да техникалық құралдарымен жабдықталған. Жалпы әскери дайындық және медициналық дайындық бойынша медициналық қызмет тактикасын ұйымдастыру, әскери токсикология, радиобиология және медициналық қорғау бойынша оқу-әдістемелік құралдар мен кітапханалық қормен қамтамасыз етілген. Әскери кафедраның оқу-материалдық базасының даму деңгейі запастағы офицерді және сержанттарды даярлау бағдарламасының талаптарына толық көлемде сәйкес ұйымдастырылған.

Әскери патриоттық тәрбиені жетілдіру мақсатында жыл сайын Ұлы Отан соғысының ардагерлерімен, интернационалист-жауынгерлермен, Қарулы Күштердің ардагерлерімен кездесулер өткізіледі. Әскери кафедра студенттері түрлі әскери-патриоттық іс-шараларға үнемі қатысуда.

Әскери кафедра өзінің бүкіл қызметі барысында академия басшылығының назарынан тыс қалмайды, тексеру және қадағалау барысында берген оң бағасы әскери кафедраның жеке құрамына сабақтардың тиімділігін әскери дайындықты, ішкі қызметті арттыруға жаңа серпін беруде.

Жоғарыда айтылған бағыттар мен ұйымдастырылған жетістіктер әскери кафедрада студент жастарға білім алуға лайықты мүмкіндік беретіні анық.

Әскери кафедраның алғашқы түлектері Қарулы Күштер құрамалар мен әскери бөлімдерде әскери медицина қызметінде, ал олардың кейбіреулері бас қолбасшылықта және өңірлік әскерлер қолбасшылықтарының штабтарында басшылық лауазымдарда қызмет атқаруда.

Ширек ғасырлық тарихы бар әскери кафедраның қызметін ұйымдаструда өз үлестерін қосқан білікті басшылар:

2001-2005 жылдары медицина қызметінің майоры Жылқышиев Мұрат Әбжаппарұлы.
2005-2018 жылдары запастағы полковник Айтов Алмас Советұлы.
2018-2021 жылдары медицина қызметінің полковнигі Мырзалиев Серик Блялович.
2021 жылдан қазіргі таңға дейін запастағы подполковник Қасымбеков Асан Булегенович абыроймен қызмет атқаруда.

Қазіргі уақытта әскери кафедрада ардагерлер отставкадағы подполковник Гульбаев Хусниддин Розбаевич, запастағы майор Базаркулов Нұрлан Қалыбекович, қызметші Жунисбеков Бауыржан Муслимович белсенді, білікті мамандар еңбек етуде.

Жалпы алғанда әскери кафедраның барлық оқытушылары мен қызметшілері әскери қызметте өмірлік және қызметтік бай тәжірибесі бар, жоғары дәрежелер мен лауазымдарға қол жеткізген, өзінің Конституциялық, азаматтық және әскери борышына адал болған, өз Отаны – Қазақстан Республикасының қорғаушыларының жаңа буынын оқытуды және тәрбиелеуді жалғастыратын запастағы офицерлер және қызметішлер.

Атаулы күнге байланысты профессорлық – оқытушылық құрамына және ұжымға жас ұрпаққа біліммен бірге әскери-патриоттық және кәсіби-адамгершілік тәрбие беруде, жарқын болашағымыз үшін атқарған шынайы қажырлы еңбектеріңізге сәттілік тілеймін.

«Оңтүстік Қазақстан медицина академиясы» АҚ
Әскери кафедрасының аға оқытушысы
запастағы подполковник Р.Мадьяров